Jurusan Teknik Sipil POLNES berdiri sejak tahun 1985, bersamaan dengan lahirnya Politeknik Universitas Mulawarman yang kemudian berkembang menjadi Politeknik Negeri Samarinda (POLNES). Pada tahap awal, jurusan membuka Program Studi D-II Teknik Sipil berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 80/Dikti/Kep/1985 tanggal 3 Desember 1985, dengan fokus menyiapkan tenaga terampil tingkat menengah di bidang konstruksi.

Memasuki tahun akademik 1997/1998, seiring meningkatnya kebutuhan teknisi madya di instansi pemerintah maupun sektor industri, program D-II Teknik Sipil ditingkatkan menjadi D-III Teknik Sipil. Peningkatan ini diperkuat melalui SK Mendikbud No. 086/O/1997, sekaligus menegaskan kemandirian POLNES sebagai perguruan tinggi vokasi. Perubahan jenjang tersebut diikuti dengan pembaruan kurikulum dan penguatan praktik laboratorium serta kerja sama dengan dunia usaha dan dunia industri.

Sejalan dengan berkembangnya pembangunan infrastruktur di Kalimantan Timur dan wilayah sekitarnya, jurusan kemudian mengembangkan keahlian di bidang Rekayasa Jalan dan Jembatan. Pengembangan ini diarahkan untuk menghasilkan lulusan yang menguasai perencanaan, pelaksanaan, dan pengawasan konstruksi jalan serta jembatan, guna mendukung kebutuhan infrastruktur transportasi yang terus meningkat.

Pada tahun 2021, Jurusan Teknik Sipil POLNES memasuki fase transformasi pendidikan tinggi vokasi terapan. Program D-III Teknik Sipil di‑upgrade menjadi S1 Terapan Teknologi Rekayasa Konstruksi Bangunan Gedung (TRKBG) melalui dukungan program peningkatan studi vokasi. Pada saat yang sama, jurusan mengembangkan S1 Terapan Teknologi Rekayasa Konstruksi Bangunan Air (TRKBA) yang berfokus pada bangunan air dan infrastruktur sumber daya air seperti bendung, embung, irigasi, dan pengendali banjir.

Tahap selanjutnya adalah pembentukan rantai kompetensi lengkap di bidang infrastruktur transportasi. Program Rekayasa Jalan dan Jembatan dikembangkan sebagai S1 Terapan Rekayasa Jalan dan Jembatan (RJJ), yang menitikberatkan pada desain geometrik jalan, struktur perkerasan, dan perencanaan jembatan. Untuk memperkuat kompetensi pada jenjang yang lebih tinggi, dibuka S2 Terapan Rekayasa Perawatan dan Restorasi Jembatan (RPRJ) yang secara khusus menggarap bidang inspeksi, pemeliharaan, perkuatan, dan restorasi jembatan.

Saat ini Jurusan Teknik Sipil POLNES menyelenggarakan empat program studi, yaitu S1 Terapan TRKBG, S1 Terapan TRKBA, S1 Terapan RJJ, dan S2 Terapan RPRJ. Keempat program ini membentuk spektrum keahlian yang saling melengkapi, mulai dari konstruksi bangunan gedung, bangunan air, jalan dan jembatan, hingga perawatan dan restorasi jembatan pada tingkat magister terapan. Dengan dukungan dosen, laboratorium, dan jejaring kerja sama dengan industri, Jurusan Teknik Sipil POLNES berkomitmen untuk menghasilkan lulusan vokasi terapan yang kompeten, adaptif, dan siap berkontribusi pada pembangunan infrastruktur daerah maupun nasional.